mag3D Figure1 Figure2 Figure3 PRESENTATION SYMPOSIUM FRANCO FINLANDAIS SYMPOSIUM Problème des phases
The phase problem
DVD Semi-conducteur
organométallique
organosilicié TiO2-rutile SiO2-stishovite Cu2O-cuprite
K2PtCl6 Be-metal bases
and 3D views Bases et vues 3D Si-et-Ge CaF2-fluorite NbC-2023
L’Analyse
Directe Multipolaire
fondements
et visualisation 3D
Les procédures d’ajustement attribuent
des représentations analytiques à chaque modèle considéré et introduisent
plusieurs paramètres. Différents ensembles de ces paramètres peuvent s’adapter
aux données expérimentales de façon également satisfaisantes. De plus, ces
procédures modifient
les données expérimentales en cours d’analyse en les remplaçant par leur
représentation mathématique.
L’Analyse Directe Multipolaire ne
considère que les faits expérimentaux sans aucune hypothèse a priori sur le
comportement expérimental comme décrit dans “L’autre philosophie” SYMPOSIUM. Elle est en relation directe avec la précision expérimentale de sorte que
toutes les quantités trouvées au cours de l’analyse ont un sens physique
aisément interprétable en tant que propriétés cristallographiques.
Le modèle de superposition d’atomes
théoriques libres ne tient compte que de la densité totale de charge du cristal
et il n’est pas évident que les paramètres de l’atome libre soient les mêmes
que ceux des atomes du cristal.
Comme les modèles sont élaborés à
partir d’atomes libres, ils sont physiquement incapables de décrire les atomes
à l’intérieur du réseau, en particulier pour décrire les couches externes des
atomes.
La comparaison entre les modèles et
le cristal ne peut donner aucune estimation réaliste de l’état ionique
Kurki-Suonio & Salmo (1971) (1)) et équivaut
à une méthode d’extrapolation.
Etudes dans les espaces direct et
réciproque
Les déformations atomiques affectent
principalement les couches électroniques externes. La partie principale de
l’information sur les déformations sera contenue dans les réflexions de plus
bas ordres en petits sinθ/λ. Donc, peu de réflexions mesurées sont nécessaires pour collecter tous
les effets des déformations.
Un réel avantage de l’Analyse Directe
Multipolaire est la possibilité de traiter l’analyse aussi bien dans l’espace
réciproque que dans l’espace réel.
L’analyse dans l’espace direct donne
une estimation de l’ionicité et de la nature de la liaison. En outre, elle
révèle l’image moyenne de l’atome dans le réseau.
L’analyse dans l’espace réciproque
montre un comportement plus spécifique c’est-à-dire les directions de transfert
de charge électronique. Par le théorème d’invariance de Fourier des harmoniques
sphériques, une transformée de Fourier-Bessel relie les densités radiales de
charge aux facteurs de diffusion atomique radiaux (Kurki-Suonio (1967) (2)).
Terme résiduel
Pour déterminer les grandeurs
physiques telles que le nombre d’électrons Z(R) ou la densité totale de charge ρ(r), la série entière doit être
calculée. Nous devons trouver une suite raisonnable des données expérimentales
et veiller à ne pas introduire des caractéristiques supplémentaires
inexistantes dans les résultats (voir plus loin
par exemple : gaussiennes incorrectes). C’est le problème du terme
résiduel.
La série expérimentale utilisée
tronque en un point de valeur sinθ/λ si
peu élevée que les termes résiduels de la série expérimentale restent assez
considérables. Il est alors nécessaire de connaître ces termes résiduels aussi
précisément que possible.
Pour avoir un terme résiduel précis,
il est nécessaire (Kurki-Suonio (1962) (3)):
-
de
trouver une suite raisonnable des facteurs de structure mesurés,
-
de
déterminer les limites dans lesquelles nous pouvons modifier cette suite sans
perte de raisonnabilité.
Une suite raisonnable signifie que le
centre de l’atome est connu et que le facteur de diffusion atomique calculé donne une
suite raisonnable du facteur de diffusion atomique réel au-delà du cut off i-e dans la région des électrons de cœur.
Il est généralement admis que les
calculs de mécanique quantique donnent une bonne image des couches
électroniques internes. Si le modèle atomique a le même mouvement correct et
les mêmes positions atomiques correctes que les couches internes de l’atome réel,
son facteur de diffusion atomique peut être considéré correct pour les grands
sinθ/λ et on peut écrire :
f = fth + Δf
avec Δf tendant vers zéro quand sinθ/λ augmente. Seul Δf rend les facteurs de diffusion
atomique différents des facteurs théoriques et cette contribution est
uniquement responsable des différences entre le
terme résiduel réel et celui du modèle correct.
Mais, pour être cohérent avec le critère de localité, le terme résiduel du
modèle correct doit
être divisé en contributions atomiques. Cette exigence est satisfaite en
utilisant 2 importantes caractéristiques des séries de Fourier :
-
leur
convergence est locale : la convergence en un point donné (ou région) ne
dépend que des
caractéristiques de ce
point (ou région),
- plus haut est le taux de
convergence, plus régulière est la fonction et la transformée de Fourier
d’une fonction régulière variant
lentement montre une décroissance rapide quand sinθ/λ
augmente.
Alors, la seule hypothèse adéquate
est que le terme résiduel réel puisse être décomposé en contributions atomiques.
Une propriété caractéristique du
terme résiduel est que sa précision soit perçue différemment si l’analyse est
faite dans l’espace réel ou réciproque.
Dans l’espace réel, l’erreur due à l’imprécision de la valeur du terme résiduel
s’étend sur tout l’espace et une analyse
correcte dépend fortement de l’estimation exacte de ce terme résiduel. La
méthode gaussienne avec des gaussiennes correctes :
sans
termes constants et sans B(I)<0 pour respecter la nature physique de f(b) et
avoir f(b)=0 à l’infini, améliore largement
cette situation en évitant l’erreur de coupure des données.
Une
représentation gaussienne est la mieux adaptée en raison de
l’invariance par transformée de Fourier d’une gaussienne.
Ainsi, le terme résiduel est suffisamment précis pour donner une
suite raisonnable aux données expérimentales au-delà du cut off. Les erreurs de
cut off sont éliminées par l’usage de gaussiennes correctes. Les
représentations gaussiennes ne doivent pas inclure des exposants positifs et
des termes constants tels que ceux donnés par
exemple dans les Tables Internationales, sinon
ceci conduit à un non sens physique.
La
précision du calcul du terme résiduel est un ordre de grandeur supérieure à la précision statistique.
Dans l’espace réciproque,
l’imprécision du terme résiduel affecte
localement les résultats près du cut off et ne perturbe pas les résultats
avant ce point. Donc, l’estimation du terme
résiduel n’est pas aussi importante pour l’analyse dans l’espace réciproque que
pour celle dans l’espace direct. C’est un point utile pour comprendre la
précision des résultats.
Développement
en harmoniques sphériques
Une
description quantitative simultanée dans toutes les directions est obtenue si l’atome est
développé en fonction des différents ordres de composantes harmoniques (Kurki-Suonio & Meisalo (1967) (4)). Pour chaque atome du cristal, il existe un ensemble
orthogonal complet d’harmoniques sphériques du réseau qui donne une bonne
description des structures telles que les distributions électroniques ou les
facteurs de diffusion atomiques d’atomes séparés.
Quand des composantes d’ordres très
élevées et non négligeables sont présentes, cela signifie que les données ne
sont pas suffisamment précises pour contenir une information sur les non
sphéricités. De fait, les états atomiques de hauts moments angulaires sont
faiblement occupés.
Donc, pour l’analyse, 2 critères
doivent être appliqués :
-
la
localité de l’atome,
-
le
comportement d’harmoniques d’ordre peu élevés des non sphéricités.
Les résultats obtenus par l’Analyse
Directe Multipolaire prennent en compte :
-
la
référence correcte,
-
le
rayon R utilisé pour représenter l’atome.
Le développement en harmoniques
sphériques présente d’importants avantages (Kurki-Suonio (1971) (5)) par rapport aux autres méthodes :
-
l’information
a une forme plus concise montrant immédiatement le comportement des facteurs
atomiques radiaux dans toutes les directions avec un nombre peu élevé de termes
dans le développement,
-
l’information
a une forme plus concrète, elle est mieux analysée et sépare les effets
sphériques des effets non sphériques dus
à l’effet de champ cristallin sur les atomes ou dus à la nature de la liaison.
Un des principaux avantages de cette
séparation est de donner des informations sur les erreurs systématiques.
L’essentiel des erreurs systématiques n’affecte que le terme sphérique parce
qu’elles dépendent de l’angle de diffraction mais pas de sa direction.
- des sphères assez
grandes peuvent être utilisées sans un effet de chevauchement important des
atomes voisins en raison d’un comportement moyen dans toutes les directions.
Détermination des composantes des
harmoniques sphériques
Les différentes composantes Δfn(b) sont calculées
jusqu’à n=10. En fait, l’ordre 10 n’est pas nécessaire car il correspond évidemment à des déformations non
visibles. Néanmoins, ce calcul est nécessaire pour voir si le critère
de consistance interne des données
expérimentales est rempli ou non.
Les composantes non sphériques
caractérisent les propriétés atomiques à l’intérieur du réseau i-e elles
montrent l’effet du champ cristallin sur l’atome.
En outre, la signification des
harmoniques sphériques est largement influencée par la détermination du rayon R
(voir plus loin : Rayon
de meilleure séparation). Cependant, en raison du critère de non observabilité
des composantes d’ordres supérieurs, une limite de « signification »
de la composante peut être indiquée. L’amplitude des composantes d’ordres
élevées est considérée comme une mesure de la non consistance interne de
l’information non sphérique. Physiquement, cette amplitude n’a aucune réalité.
Méthode d’intégration de l’Analyse
Directe Multipolaire
Les méthodes d’intégration
nécessitent une division de la densité de charge ρ(r)
en contributions atomiques.
Une
sphère centrée sur l’atome est la manière la plus naturelle de séparer l’atome
de ses voisins (Kurki-Suonio
& Salmo (1971) (1)) simplement parce qu’elle
considère le concept de localité isotropiquement. Mais, dans ce cas, une certaine
densité de charge peut s’étendre au dehors, à l’intérieur des régions situées entre les sphères qui sont les régions des électrons
externes. En fait, cette perte de densité électronique est principalement due
aux déformations atomiques et représente, généralement, une quantité très
faible par rapport à la densité électronique atomique totale, à l’exception de
certains cas particuliers tels que Be-metal.
Si l’on considère le volume limité
par le minimum de ρ(r) dans toutes les directions
simultanément, cela conduit à des volumes compliqués peu adaptés aux
intégrations et la garantie de son efficacité sur le nombre d’électrons dans la
région atomique devient discutable.
Généralement,
les facteurs de diffusion atomique théoriques utilisés dans les séries
différences sont ceux calculés dans le cas d’un atome libre (ou ion libre)
donné dans la littérature.
Axes locaux et mouvements atomiques
anisotropes en Å2
Les facteurs de structure
expérimentaux sont analysés par l’Analyse Directe Multipolaire décrite par Kurki-Suonio (1968) (6) sur la base des critères physiques de Kurki-Suonio (1977) (7)
TiO2-rutile SiO2-stishovite
Cu2O-cuprite K2PtCl6
Be-metal.
Dans le cristal réel, les symétries
de site résultent des positions des atomes environnants.
A l’aide de l’affinement itératif
local, nous « purifions » les valeurs de δF = Fobs ─ Fcalc
des erreurs de paramètres laissées par les affinements basés sur le facteur de
reliabilité R de telle sorte que les δF résultants sont des informations
pures sur la densité de charge différence réelle. Le facteur R est un critère
global non spécifique qui n’est pas capable de distinguer les erreurs sur les
paramètres des effets des déformations électroniques.
Le critère naturel pour des positions
correctes et des facteurs de température corrects sera tel que les dérivées des
séries différences soient égales à zéro à l’origine quand les centres des
atomes expérimentaux et théoriques coïncident.
L’ordre zéro concerne le facteur de
température isotrope moyen Bave , un
mouvement moyen correct doit correspondre à δρ0(r)
= zéro à r =
0.
Dans le cas de positions en dehors des atomes, l’ordre zéro montre l’importance
de l’accumulation possible de charge en ces positions.
Les paramètres de position affectent
la dérivée première des densités différence radiales.
Si les positions des atomes de la
référence sont corrects, les dérivées premières de toutes les composantes du
premier ordre sont « plates » en r petits. (10+) (11+) et (11─) indiquent de possibles déviations par rapport aux
directions des axes locaux z, x et y.
Des paramètres corrects
du mouvement anisotrope à savoir Bpr, Bna et
l’orientation correcte de l’ellipsoïde thermique doivent rendre les dérivées
secondes de toutes les composantes d’ordre 2 « plates » en r petits.
Le comportement des densités radiales
différences du 2ème ordre près de l’origine renseigne sur la nécessité éventuelle d’affiner itérativement
les paramètres anisotropes.
(20+) concerne la
« prolateness » i-e l’écart de uz2
par rapport à la moyenne u2, et (22+) se réfère à la non axialité ou différence des amplitudes dans les
directions x et y.
Aucune analyse
multipolaire du mouvement anisotrope n’est possible sans savoir
comment les modifications des paramètres, un à
un, affectent la composante étudiée.
Toutes les composantes
multipolaires d’un atome doivent être calculées dans le même système local de
coordonnées, car les fonctions angulaires dépendent du choix des axes voir TiO2-rutile (fig.1) et MgF2
(Vidal et al. (1981) (8)). Un exemple
instructif du choix des axes locaux est donné dans l’article (Ahtee, Kurki-Suonio et al. (1980) (9)).
Rayon de meilleure séparation
Le rayon de meilleure séparation
indique la distance à laquelle la charge électronique peut être traitée comme
concentrée autour du centre atomique.
La distribution à l’intérieur de la
sphère de rayon de meilleure séparation agit comme une distribution centrée sur
l’atome considéré et définit la partie interne effective de l’atome ou de l’ion
au sens de la diffraction RX.
Détermination du rayon de meilleure séparation RM de chaque
atome
La densité électronique moyenne
sphérique ρ0(r) ou mieux 4πr2ρ0(r)
est calculée pour voir l’accumulation de charge autour des positions atomiques.
ρ0(r) est le premier terme ou terme sphérique
du développement en harmoniques sphériques de ρ(r).
En traçant 4πr2ρ0(r)
en fonction de r, la séparabilité de l’ion par rapport à ses voisins est
définie par le rayon de meilleure séparation RM, minimum de la courbe 4πr2ρ0(r).
Le
nombre d’électrons dans une sphère de rayon R est représenté par la surface sous la
courbe 4πr2ρ0(R).
La
valeur du rayon de meilleure séparation RM indique la limite appropriée autour de laquelle
le nombre d’électrons doit être calculé pour estimer l’état ionique. Elle
détermine aussi le rayon R de la sphère nécessaire dans les calculs des harmoniques
sphériques.
Un rayon R légèrement supérieur à
celui de RM (Kurki-Suonio &
Ruuskanen (1971) (10)) est choisi. Ce rayon R un
peu trop grand est tel que le très petit recouvrement artificiel créé par ce
choix doit donner une contribution électronique négligeable par rapport à la
contribution électronique de la densité de charge étalée dans l’espace vide. Ce
choix est un point important de l’Analyse Directe Multipolaire car un rayon R
trop petit ne fait pas apparaître de déformation visible alors qu’un rayon R
trop grand peut mettre en évidence des déformations non
réelles de l’atome considéré dues à l’influence des voisins.
Problème des phases
Le cristal théorique ne peut être
comparé au cristal réel que si la structure cristalline exacte est connue, particulièrement
les positions atomiques et les phases des facteurs de structure. Le problème
bien connu des phases concerne les structures non centrosymétriques telles que
BeO (Vidal et al. (1987) (11)) appartenant à un
groupe polaire qui rend imaginaire le facteur de diffusion atomique. Alors, il
est nécessaire de fixer avec précision les phases avant toute analyse, ou de
combiner une détermination itérative des phases avant l’analyse Problème des phases.
Un autre type de problème des phases se rencontre dans des structures
centrées comme MgF2 (Vidal et al. (1981) (8))
où la distance Mg-F n’est pas un invariant de structure. Dans ce cas, ce n’est
pas un facteur de diffusion atomique imaginaire mais une incertitude due à ce
paramètre de structure qui provoque un problème de phase local dans la détermination
du facteur de diffusion de l’atome de fluor.
Applications de l’Analyse Directe
Multipolaire
Comme déjà mentionné, l’Analyse
Directe Multipolaire a été utilisée pour différentes
applications.
En particulier, les déterminations
de :
-
paramètres
thermiques en adéquation avec les données expérimentales,
-
le
problème des phases dans les structures non centrées (BeO, GaAs, InP, ZnTe).
En outre, des problèmes physiques
spécifiques peuvent être résolus tels que :
-
effets
isotopiques et défaillance de l’approximation de Born-Oppenheimer dans LiH/LiD,
-
densité
de charge et phases magnétiques dans MnO, CoO et NiO,
-
plusieurs
propriétés cristallines comme la nature de la
liaison, l’état ionique, les déformations
atomiques,…. fournies par les densités de charge atomiques.
1) Effets isotopiques
Le problème était de voir si le
changement de H en D pouvait affecter la distribution de charge dans la maille.
Notre étude sur LiH/LiD (Vidal et al.
(1991) (12)) montre que la densité de charge
dépend largement de la nature de
l’atome.
Des différences entre les densités de
charge de LiH et LiD ne peuvent se produire que si le couplage électron-phonon
est suffisamment fort. Alors, si elles sont observées, ces différences doivent
donner une mesure phénoménologique de la violation de l’approximation de
Born-Oppenheimer. L’écart significatif de la distribution de charge de l’anion
H─ dans LiH par rapport à
celle de D─ dans LiD indique la défaillance de l’approximation
de Born-Oppenheimer due au couplage des vibrations et des états électroniques,
effet beaucoup plus fort dans LiH.
C’est le 1er cas où une
telle défaillance peut être vue par diffraction RX. Ce pouvait être la seule
opportunité d’observer cette violation dans un cristal.
La visualisation 2D de la densité de
charge différence a clairement montré l’effet isotopique et ses conséquences.
2) Etats magnétiques Figure1
Figure2 Figure3
L’intérêt d’étudier différents états
magnétiques d’un composé magnétique est de voir l’influence de l’état
magnétique sur la distribution de charge.
Nous avons essayé de mettre en
évidence l’état magnétique par l’Analyse Directe Multipolaire et trouver des
indications sur la nature des liaisons et les mécanismes électroniques de
l’ordre magnétique.
Notre étude sur MnO, CoO (para- et
antiferromagnétique) et NiO antiferromagnétique (Vidal et al. (2002), (2004), (2005) (13)) a révélé le réarrangement de la distribution de
charge selon l’état magnétique considéré.
Particulièrement, MnO (para- et
antiferromagnétique) affiche une différence saisissante dans sa densité de
charge selon l’état magnétique et montre aussi le rôle joué par l’ion oxygène
dans l’établissement de l’état antiferromagnétique.
3) Visualisation 3D
La visualisation 2D avec des cartes
basées sur la représentation Fourier était la manière la plus courante de
montrer les différents plans de la densité de charge différence.
Cependant, de telles représentations
en sections ne sont pas aisément transformées en une visualisation mentale 3D
et peuvent occulter des faits essentiels de la densité de charge du cristal.
En fait, ρ(r)
représente la distribution de charge en 3 dimensions et doit être calculée dans
l’espace tridimensionnel pour rendre compte du comportement spatial du cristal.
Aussi,
nous avons élaboré la visualisation 3D de la densité de charge différence.
La
visualisation 3D de l’Analyse Directe Multipolaire conduit à suivre directement
le comportement d’un seul atome (ou d’un ion) à l’intérieur du cristal dans
toutes les directions simultanément pour atteindre l’effet du champ cristallin.
Il
est plus facile d’avoir une image réaliste de l’environnement de chaque atome
(ou ion) sur la base de l’Analyse Directe Multipolaire. Un réel et grand
avantage de la visualisation 3D est de montrer les surfaces d’isodensités
électroniques avec leurs volumes respectifs.
Les illustrations 3D correspondantes
réalisées sur une maille à l’aide de la représentation Fourier donnent la
possibilité de comprendre la structure du cristal.
La comparaison de ces 2
représentations 3D (Analyse Directe Multipolaire et Fourier)
donne la genèse des différentes liaisons et des mécanismes électroniques, alors
les liaisons apparaissent et leurs natures conduisent à une interprétation
correcte des caractéristiques du cristal.
Avec
ces représentations 3D, il est aussi possible d’enquêter dans l’espace vide et
de détecter les points importants hors des positions atomiques. Dans le cas de
structure comme Be-metal, ces représentations sont très utiles pour visualiser
les différentes surfaces d’isodensités dans l’espace vide et pour comprendre le
réseau de distribution de charge autour de l’atome de Be.
De plus, la visualisation 3D est
nécessaire pour détecter l’ensemble compact des ions se recouvrant.
La visualisation 3D obtenue par
l’Analyse Directe Multipolaire apporte une aide précieuse pour la connaissance
des mécanismes des distributions de charge atome par atome. Elle permet de
restituer rapidement l’information pertinente et de diminuer le degré
d’abstraction sur les résultats. Alors, les phénomènes physiques relatifs aux
surfaces d’isodensité électronique et au volume de localisation limité par une
surface d’isodensité électronique sont pleinement perçus et mis en lumière.
Pour une même surface d’isodensité,
il n’y a pas de correspondance entre les représentations Multipolaire et
Fourier. La 1ère représentation correspond à une seule contribution
atomique, la seconde concerne la contribution de la totalité des atomes.
Une animation de vues
tridimensionnelles DVD en streaming complète l’information 3D.
REFERENCES
(1)
K. Kurki-Suonio & Salmo
(1971) Ann. Acad. Scient. Fenn. A VI, 369
(2)
K. Kurki-Suonio (1967) Ann. Acad.
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(3)
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K. Kurki-Suonio & Meisalo
(1967) Ann. Acad. Scient. Fenn. A VI, 241
(5)
K. Kurki-Suonio (1971) Italian
Crystallographic Association Meeting,
(6)
K. Kurki-Suonio (1968) (1968) Acta Cryst. , A24, 379-390
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K. Kurki-Suonio (1977) Isr. J. chem. 16, 115-129; 132-136
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Acta Cryst., A37, 826-837
(9) M. AHTEE, K.
KURKI-SUONIO, A. VAHVASELKA, A.W. HEWATT, J. HARADA and S. HIROTSU (1980) Acta Cryst., B36, 1023-1028
(10) K. Kurki-Suonio & A.
Ruuskanen (1971) Ann. Acad. Scient. Fenn. A VI, 358
(11)
G. Vidal‑Valat, J.‑P. Vidal, K. Kurki‑Suonio
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(12) G. Vidal-Valat, J-P. Vidal, K. Kurki-Suonio, R.
Kurki-Suonio (1992) Acta Cryst. A48, 46-60
(13) J.‑P.
Vidal, G. Vidal‑Valat, K. Kurki‑Suonio
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J.‑P. Vidal G. Vidal‑Valat, and K. Kurki‑Suonio,
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J.‑P. Vidal, G. Vidal‑Valat and K. Kurki‑Suonio,
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NiO
Kristallografiya vol. 50, N°1
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Crystallographic Reports vol. 50, N° 1, pp20, 2005 (in English)
mag3D Figure1 Figure2 Figure3 PRESENTATION SYMPOSIUM FRANCO FINLANDAIS SYMPOSIUM Problème des phases
The phase problem
DVD Semi-conducteur
organométallique
organosilicié TiO2-rutile SiO2-stishovite Cu2O-cuprite
K2PtCl6 Be-metal bases
and 3D views Bases et vues 3D Si-et-Ge CaF2-fluorite NbC-2023